花生黑壳病是指花生荚果出现发黑、发褐、腐烂等特征，是花生高产品种生产上比较常见的疑难病症。黑壳现象只在地下部花生荚果上发病，地上部植株没有任何表现，农民都是到了花生收获时才发现，往往为时已晚。由于其发生大都在7月底-8月中下旬的雨季，此期花生已经完全封垄，药剂无法有效喷淋或灌根到发病部位，因此药剂防治效果较差。由于花生黑壳病是由多种病害造成的，多个研究部门曾分离引发的病菌，认为以镰刀菌为主(土传)，且与土质、雨水、旱情、收获等都有一定的相关性，常规的农田管理措施很难达到较好的防治效果，到目前没有确定一种切实有效的综合防控技术。

微生物菌肥的应用使得花生黑壳病防治难题有了一个新的突破方向。它可以起到改善土壤理化性质，提高作物产量，改善农产品品质口味，减少作物病虫害，减少作物化肥用量的作用。将微生物菌肥应用到花生黑壳病的防治中，并采取综合防治措施，配合高产栽培技术，从改良土壤环境、保水保肥、生物抑菌、增强抗力、补充中微量元素等关键因素控制出发，可以建立针对花生死苗以及黑壳病的综合防治体系。